Устюртский государственный природный заповедник включен в Перечень участков недр, представляющих особую экологическую, научную, культурную ценность, отнесенных к категории особо охраняемых природных территорий республиканского значения. «Родник Кендирли» входит в перечень гидрогеологических объектов государственного природно-заповедного фонда республиканского и международного значения. Устюртский заповедник включает в себя уникальные геологические, палеонтологические и археологические объекты, является ключевым местом обитания ряда видов, занесенных в Красные книги различных уровней (джейран, уриал, каракал, балобан, беркут, филин, джек и т. д.). Кроме того, данной территории планируется присвоить статус объекта Всемирного природного наследия ЮНЕСКО. В соответствии с природоохранным законодательством РК, режим государственного заповедника предусматривает введение заповедного режима с полным запретом хозяйственной деятельности.

В непосредственной близости от Устюртского  заповедника расположена  Кендерли-Каясанская государственная заповедная зона, на территории  которой разрешено геологическое изучение, разведка полезных ископаемых по согласованию с уполномоченным органом с учетом специальных экологических требований, установленных Экологическим кодексом Республики Казахстан.

На территории  заказника «Кокжиде-Кумжарган»  находятся 2 объекта государственного природно-заповедного фонда республиканского значения:

Пески Кокжиде – геологический объект республиканского значения, представляющий собой особую экологическую, научную ценность. Пески являются резервуаром уникального месторождения подземных вод;

Подземные воды месторождения Кокжиде – гидрогеологический объект, имеющий особую экологическую, научную ценность, как крупнейшее в Западном Казахстане и уникальное по качеству питьевой воды месторождение подземных вод.

Акватория Северного Каспия является уникальной с точки зрения биологической и промысловой ценности ихтиофауны, особенно видов осетровых рыб. Северный и Средний Каспий являются одним из ценнейших районов и узловыми пунктами, через которые ежегодно мигрируют миллионы водоплавающих и околоводных птиц, и местами зимнего залегания и размножения тюленей. В конце 70-х годов  прошлого столетия в целях сохранения и воспроизводства рыбных запасов Каспийского моря была утверждена и организована заповедная зона  Северного Каспия.

Новинский государственный заказник площадью 45,0 тыс. га, основан в 1967 году на одноименных островах и водной акватории для охраны водно-болотных угодий восточной части дельты Волги на границе Казахстана и России. В заказнике охраняются редкие виды растений: водяной орех, лотос орехоносный, дрема астраханская, кувшинка белая, а также представители животного мира: выхухоль, речной бобр, длинноиглый еж, 27 видов птиц (розовый и кудрявый пеликаны, фламинго, лебедь-кликун, малая белая цапля, желтая цапля, колпица, белоглазая чернеть и др.). В настоящее время территория заказника практически полностью под водой в связи с повышением уровня моря.

Воздействие на биоразнообразие связано с проведением поисково-разведочных  работ и заключается в воздействии шума, вибрации, движения транспорта, трансформацией рельефа и изъятием площади возможного обитания животных.

Для снижения воздействия на биоразнообразие в обязательном порядке ведется экологический мониторинг в соответствии с программами, утвержденными уполномоченным органом в области охраны окружающей среды.